Una de las peculiaridades que hacen tan especial a Bali es que la religión que profesa la mayoría de la población local es una variante del hinduismo que poco o nada tiene que ver con la religión de la India ni con el Islam que predomina en el resto de Indonesia.
En Indonesia la religión predominante es el Islam, sin embargo, en la isla de Bali más del 90 % de los habitantes son hinduistas. Aunque hay que reconocer que practican una forma muy particular de esta religión, conocida como "hinduismo balinés". Esta religión mezcla la creencia en los dioses y doctrinas del hinduismo con creencias animistas y culto a santos budistas. Las minorías religiosas de Bali son la musulmana, la cristiana y la budista.
La religión de Bali tiene una estructura muy estricta, que se ve, por ejemplo, en las ofrendas diarias, a las que dedican una parte importante de su tiempo laboral y de su salario. Las ofrendas típicas diarias suelen ser trocitos de hojas con un poco de arroz, que se colocan en diferentes lugares de las casas, en los templos, la calle, delante de la puerta… Aunque el hinduismo de la India y el de Bali son la misma religión, en la práctica hay algunas diferencias significativas. En Bali sólo las personas mayores todavía creen en el sistema de castas, los jóvenes lo ignoran. Los hindúes de Bali no renuncian a la carne de vacuno. En la India un hindú debe ser incinerado de inmediato para que pueda entrar en el cielo, en Bali debido a los gastos que supone la incineración, a veces un pueblo entero entierra temporalmente a sus muertos y después se realiza una cremación colectiva. En la India las viudas no deben volver a casarse, en Bali sí que pueden, incluso los altos sacerdotes pueden casarse. En la India el culto en el hogar es muy importante, pero en Bali el culto en grupo es el preferido.